சிவபெருமானை நோக்கி லிங்க வழிபாடு செய்து கடும் தவம் இருந்த ஞானிகளையும் முனிவர்களையும் அறிவோம்.ஆனால் சிவனே ஒரு இடத்தில் லிங்க வழிபாடு செய்தார் என்றால் அது இந்த புண்ணிய திருதலத்தில் மட்டும்தான். இம்மை என்றால் `இப்பிறவி' என்று பொருள். இந்த பிறவியிலேயே நன்மைகள் அருள்வதால் அவருக்கு அந்தப் பெயர் ஏற்பட்டது. கருவறையில் சிவனும், மத்தியபுரிநாயகி (மீனாட்சி) அம்மனும் ஒரே பீடத்தில்
அமர்ந்திருக்க, அவர்கள் முன்னால் சிவலிங்கம் இருக்கிறது. இவர்கள் லிங்க
பூஜை செய்வதாக ஐதீகம். ஒருமுறை சக்தியும், சிவனும் மானிட வடிவெடுத்து
மீனாட்சியாகவும், சுந்தரேஸ் வரராகவும் மதுரை நகரின்
ஆட்சிப்பொறுப்பை ஏறறு நடத்தி வந்தனர், பட்டாபிஷேகம் நடக்கும் முன், இறைவனை வழிபட எண்ணினர். சிவன் மானிடப்பிறவியாக
வந்து விட்டதால், லிங்க பூஜையின் மகிமையை உலகுக்கு வெளிப்படுத்தும்
விதத்தில், தனக்குத்தானே பூஜை செய்வதற்காக லிங்கம் ஒன்றை வடித்தார். அந்த
லிங்கமே இக்கோவிலில் உள்ள சிவலிங்கம என்கிறார்கள்.விழாகாலத்தில் காலை பூசையின் போது சிவனுக்கு தோசையை நைவேத்தியமாக படைக்கிறார்கள்.பொதுவாக நாம் எந்தக் கோயிலுக்கு போனாலும் சிவலிங்கத்தின் முன்பகுதியையே தரிசிப்போம். ஆனால், இந்தக் கோயிலில் மட்டும் லிங்கத்தின் பின்புற தரிசனம்
நமக்கு கிடைக்கிறது. இதற்கு காரணம், மேற்கு நோக்கி அமர்ந்து
சிவபூஜை செய்ய வேண்டுமென்பது நியதி. எனவே இங்கு சிவன் அம்பாளுடன் மேற்கு நோக்கி
அமர்ந்து லிங்க பூஜை செய்கிறார். எனவே, லிங்கத்தின் முன்பகுதி அவர்களை
நோக்கி இருக்கிறது. பக்தர்களுக்கு பின்புற தரிசனம் கிடைக்கிறது.
மீனாட்சியம்மன் கோயிலில் சிவனுக்கு பட்டாபிஷேகம் நடக்கும் முன்பு, சிவன்,
அம்பாள் இருவரும் இங்கு எழுந்தருளுவார்கள். இவ்விருவரையும் மூலஸ்தானத்தை நோக்கி
வைத்து வணங்கப்படுகிறது., இம்மையிலும் நன்மை தருவார், சுந்தரேஸ்வரர், மீனாட்சி மூவருக்கும்
ஒரே சமயத்தில் தீபாராதனை, பூஜை நடக்கும். இந்த பூஜையை சிவனே செய்வதாக
ஐதீகம்.
இக்கோவில் மதுரை நகரின் மத்திய பகுதியான் பெரியார் பேருந்து நிலையத்திற்கும் மீனாட்சியம்மன் திருக்கோவிலுக்கும் இடையில் அமைந்துள்ளது
